Das Kontaktbüro Kaunas ist administrativ in den Kaunas Business Incubator eingebunden, der seine Infrastruktur zur Mitbenutzung zur Verfügung stellt und das Büro bei der Realisierung seiner Aufgaben unterstützt.

Seine Aufgabenstellung und die fachliche Anleitung erhält das Kontaktbüro Kaunas durch das Koordinierungsbüro des Netzwerks in der AiF - Geschäftstelle Berlin.